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Colilとは

自身の論文中で他の論文を引用する際には、当該論文と自身の論文との関係を明確にする必要があります。 例えば、自身の主張の基になる事実が書かれているのか、類似の主張がなされているのか、または自身の述べている主張の具体例が示されているのかなどです。 しかし、特に英語を母国語としない研究者が英語でこのような関係を説明しようとする際には、的確な書き方がなかなか思いつかないことがあります。 そこで、これから引用しようとする論文が既に他の論文から引用されているならば、そこに実際に書かれている記述を見ることで執筆作業がより効率的になると考えられます。 このような背景を踏まえ、ある論文を引用している論文(以降、引用論文と呼ぶ)の中での、引用に関する記述(文脈)を簡単に検索できるサービスとして Colil (Comments on Literature in Literature)は開発されています。 本サービスは、機械可読な形での論文全文の再配布が可能なライセンスで提供されている PMC Open Access Subset の PMID 付き論文(約48万件)を対象に、本文中に記述されている別文献への引用情報を抽出し、書誌情報と併せて収めたColilデータベースを利用しています。 また、同データベースは全て RDF で表現され、SPARQL を用いた問い合わせに対応するため SPARQL エンドポイントも公開しています。

基本的な利用方法

  1. 検索を開始する方法は二通りあります。
    • 一つ目は、[Input a PubMed ID] 入力フォームに引用されている論文(以降、被引用論文と呼ぶ)の PubMed ID を入力し、「Enter」キーを押下する方法です。 この下の「Try : 10592235」ボタンをクリックすることで、例として PubMed ID が「10592235」の被引用論文についての引用情報を取得することが出来ます。
    • もう一方は、[Input keywords] 入力フォームに任意のキーワードを入力し、「Enter」キーを押下する方法です。 入力されたキーワードを元に PubMed 検索が実行され、その結果が画面内に表示されます。 表示された結果のなかから、目的の被引用論文の左端にあるボタンをクリックすることで、その被引用論文についての引用情報を取得することが出来ます。 この下の「iPS 2006:2008[dp] "Cell"[jour]」ボタンをクリックすることで、例としてキーワード「iPS 2006:2008[dp] "Cell"[jour]」で PubMed 検索を実行した際の結果が表示されます。

  2. 検索クエリである論文が、被引用論文として Colil データベースに登録されている場合、以下の3つ部分からなる検索結果が表示されます。
    Colil Screenshot
    (1) 被引用論文の書誌情報
    検索クエリである被引用論文の書誌情報が表示されます。 タイトルをクリックすると、被引用論文の PubMed ページが表示されます。
    (2) 被引用論文についての引用情報
    被引用論文を引用している論文の引用記述ごとに、以下の情報が表示されます。
    • Colil へのリンク:引用論文を検索クエリとして Colil 検索をした結果へのリンク
    • PubMed へのリンク:引用論文の PubMed ページへのリンク
    • PMC へのリンク:引用論文の PMC ページへのリンク
    • タイトル:引用論文のタイトル
    • セクション:引用記述を含んでいるセクション名
    • 引用文脈:引用記述(文脈) ※引用記述中の被引用論文を表す識別子は、黄色でハイライト表示されます。
    (3) 被引用論文と共に引用されている論文情報
    ある論文から被引用論文と共に引用されている論文(以降、関連論文と呼ぶ)について、被引用論文と関連論文をともに引用している論文の数(以降、関連スコアと呼ぶ)が2以上の場合、以下の情報が表示されます。
    • 関連スコア:被引用論文と関連論文をともに引用している論文の数
    • タイトル:関連論文のタイトル ※タイトルは、関連論文を検索クエリとして Colil 検索をした結果へのリンク
    • PubMed へのリンク:関連論文の PubMed ページへのリンク
    ※関連論文および関連スコアについてのより詳しい説明は、本ページ「FAQs」の「関連論文と関連スコアの意味は何ですか?」を参照してください。

  3. 検索結果表示オプションについて
    • 表示件数を変更する
      引用情報の表示件数を、引用情報上部の"1ページの表示件数"用のプルダウンメニューで [20, 40, 60, 100] から選択できます。
    • 表示順を変更する
      引用情報の表示順を、引用情報上部の"表示順"用のプルダウンメニューで ["pmid", "title", "section"] から選択できます。 "pmid"を選択すると、引用論文の PubMed ID 昇順で引用情報を表示します。 "title"を選択すると、引用論文のタイトル昇順で引用情報を表示します。 "section"を選択すると、引用論文のセクション名昇順で引用情報を表示します。
    • 引用情報取得 SPARQL クエリを表示する
      引用情報を取得する SPARQL クエリを、引用情報上部の [Show query] リンクから閲覧できます。 この下の「Show query」ボタンをクリックすることで、例として被引用論文の PubMed ID が"10592235"である場合の引用情報を取得する SPARQL クエリが表示されます。
    • 関連論文情報取得 SPARQL クエリを表示する
      関連論文および関連スコアを取得する SPARQL クエリを、関連論文情報上部の [Show query] リンクから閲覧できます。 この下の「Show query」ボタンをクリックすることで、例として被引用論文の PubMed ID が"10592235"である場合の関連論文情報を取得する SPARQL クエリが表示されます。

URL仕様

被引用論文の PubMed ID をクエリとし、引用情報を表示する URL

/browse/papers/PubMedID/Page/NumberOfCitations/SortBy
PubMedID = 被引用論文の PubMed ID
Page = ページ番号
NumberOfCitations = 1ページに表示する引用情報件数
SortBy = 引用情報表示順 ["pmid", "title", "section"]
 
(例)
http://colil.dbcls.jp/browse/papers/10592235/1/20/pmid
http://colil.dbcls.jp/browse/papers/10592235/1/100/title

FAQs

よりわかりやすい使い方の説明はありますか?

動画のチュートリアルを統合TVとYouTubeから公開していますので、ご参照ください。

関連論文と関連スコアの意味は何ですか?

論文Aと論文Bが論文Xからともに引用されている場合(共引用)、論文Aと論文Bを関連論文とし、またその度数を関連スコアとします。 下の図では、論文Aと論文Bが論文X、論文Y、論文Zからともに引用されているので、関連スコアは3となります。
※ 参考:Henry Small, 1973

Co-Citation

PMC Open Access Subset に含まれる PubMed ID 付きの論文は毎年どれぐらい発表されていますか?

以下は PMC Open Access Subset に含まれる PubMed ID 付きの論文(約67万件)の発表年分布です。年々、発表論文数が増加しているのがわかります。 ※ 2014年3月時点

PMC OA Subset Distribution

PMC Open Access Subset に含まれる PubMed ID 付きの論文から引用されている論文数はどれぐらいですか?

PMC Open Access Subset に含まれる PubMed ID 付きの約67万件の論文から、合計で約513万件の論文が引用されており、この数は PubMed 全体の約25%に相当します。 また、1件の論文から平均で約41.5件の論文を引用しています。 ※ 2014年3月時点

Colil SPARQLエンドポイントのURLを教えてください

SPARQLエンドポイントのURLは"http://colil.dbcls.jp/sparql"です。

ColilオントロジーのURLは"http://purl.jp/bio/10/colil/ontology/201303"です。

SPARQLクエリのサンプルについてはこちらをご覧ください。

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