Colil RDF Data Portal

Contents

1. 生命科学分野の文献間の引用関係を検索・閲覧できるサービス「Colil」
   • 「Colil」へのリンク
   • 「Colil」のヘルプ
   • 「Colil」の動画チュートリアル
   
   
2. Colil RDFデータについて
   • SPARQLエンドポイント: http://colil.dbcls.jp/sparql
   • SPARQLエクスプローラーへのリンク
   • Faceted Searchへのリンク
   • Colil語彙情報へのリンク
   • RDFデータ例 (参照文献と被引用文献) (参照文献と関連文献) (外部リンク)
   
   
3. Colil RDFデータを取得
   • ダウンロードサイトへのリンク
   
   
4. 関連文献
   • ColilおよびColil RDFデータの詳細については下記の文献を参照してください。：
     T. Fujiwara and Y. Yamamoto, "Colil: a database and search service for citation contexts in the life sciences domain.", Journal of Biomedical Semantics, 6:38 (19 October 2015)
     PubMed Entry | Full text paper available

Examples

• SPARQL クエリ
  1. PubMed IDが"23831647"である文献を引用している文献の引用文脈一覧を取得
     PREFIX bibo: <http://purl.org/ontology/bibo/> PREFIX colil: <http://purl.jp/bio/10/colil/ontology/201303#> PREFIX doco: <http://purl.org/spar/doco/> PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> PREFIX togows: <http://togows.dbcls.jp/ontology/ncbi-pubmed#> select ?CitationPaper ?Context where { ?CitationPaper bibo:cites ?ReferencePaper . ?CitationPaper doco:contains [ doco:contains [ rdf:value ?Context ; colil:mentions ?ReferencePaper ] ] . ?ReferencePaper rdfs:seeAlso [ rdf:type colil:PubMed ; togows:pmid '23831647' ] . } クエリ実行
     
     
  2. PubMed IDが"23831647"である文献を引用している文献のPMC ID一覧を取得
     PREFIX bibo: <http://purl.org/ontology/bibo/> PREFIX colil: <http://purl.jp/bio/10/colil/ontology/201303#> PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX togows: <http://togows.dbcls.jp/ontology/ncbi-pubmed#> select ?CitationPaper ?PMCID where { ?CitationPaper bibo:cites ?ReferencePaper ; colil:pmcid ?PMCID . ?ReferencePaper rdfs:seeAlso [ rdf:type colil:PubMed ; togows:pmid '23831647' ] . } クエリ実行
     
     
  3. DOIが"10.1186/1748-7188-1-18"である文献と関連度が高い文献のタイトル一覧を取得
     PREFIX bibo: <http://purl.org/ontology/bibo/> PREFIX colil: <http://purl.jp/bio/10/colil/ontology/201303#> PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> PREFIX togows: <http://togows.dbcls.jp/ontology/ncbi-pubmed#> select ?RelevantPaper ?RelevantPaperTitle where { [] bibo:doi '10.1186/1748-7188-1-18' ; colil:hasRelevantBibliographicResourceOf [ colil:hasRelevantPaperId ?RelevantPaper ] . ?RelevantPaper rdfs:seeAlso [ rdf:type colil:PubMed ; togows:ti ?RelevantPaperTitle ] . } order by ?RelevantPaperTitle クエリ実行
     
     
  4. PMC IDが"PMC1630425"である文献の"Background"セクション内で引用している文献のDOI一覧を取得
     PREFIX bibo: <http://purl.org/ontology/bibo/> PREFIX colil: <http://purl.jp/bio/10/colil/ontology/201303#> PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/elements/1.1/> PREFIX doco: <http://purl.org/spar/doco/> PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> select distinct ?ReferencePaper ?DOI where { ?CitationPaper rdf:type colil:CitationPaper ; colil:pmcid 'PMC1630425' ; doco:contains [ dcterms:title 'background' ; doco:contains [ colil:mentions ?ReferencePaper ] ] . ?ReferencePaper bibo:doi ?DOI . } クエリ実行